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observateur borné @ Flashbots
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Jorge Bravo Abad12 déc., 19:33
Des protéines conçues par IA qui survivent à 150 °C et à des forces en nanonewtons
Les protéines sont généralement des machines fragiles. Si vous les chauffez, les tirez ou les soumettez à une étape de stérilisation à haute température (comme celles utilisées dans les hôpitaux), la plupart se déplieront et s'agrégeront, perdant leur fonction. Pourtant, de nombreux systèmes naturels—comme la titine musculaire ou la soie d'araignée—suggèrent que si vous organisez les liaisons hydrogène en feuillet β de la bonne manière, vous pouvez obtenir une résistance mécanique remarquable et une résilience thermique.
Bin Zheng et ses co-auteurs prennent cette idée et la poussent à l'extrême. Partant du domaine I27 de la titine, ils utilisent un pipeline IA+MD—RFdiffusion pour la génération de l'ossature, ProteinMPNN pour la conception de séquences, ESMFold/AlphaFold2 pour la prédiction de structures, et MD dirigé/recuit pour le criblage—pour allonger systématiquement les brins β porteurs de force et maximiser les liaisons hydrogène de l'ossature dans une géométrie de cisaillement.
Au cours de plusieurs cycles de conception, ils augmentent le réseau de 4 à 33 liaisons H de l'ossature, créant une série de protéines « SuperMyo » avec des forces de dépliement supérieures à 1 000 pN—environ 4 fois plus fortes que I27 dans les mêmes conditions de traction. Fait remarquable, ces protéines non seulement se repliquent après une force, mais conservent également leur structure et leur fonction après exposition à 150 °C et à des cycles de stérilisation à haute température répétés, et peuvent être utilisées comme agents de réticulation pour fabriquer des hydrogels qui survivent à ces traitements intacts.
Le message est puissant : en combinant la conception générative de protéines avec des simulations basées sur la physique, il est désormais possible de transformer un principe simple—intégrer autant de liaisons hydrogène en mode cisaillement que possible dans des feuillets β—en protéines et matériaux synthétiques qui rivalisent ou surpassent les propres systèmes mécanosables de la nature, permettant des hydrogels et biomatériaux à base de protéines qui restent fonctionnels dans des conditions qui détruiraient normalement des protéines conventionnelles.
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Un immense respect à @fede_intern pour sa capacité à voir au-delà du tribalisme ❤️ peu de leaders dans l'espace comme lui

Fede’s intern 🥊5 déc., 00:51
I recently met @tzhen from @flashbots_x.
I have huge respect for what she’s built and for the research her team is doing.
We can’t work together right now since @class_lambda has a defined strategy in the MEV pipeline space. But long term, I genuinely believe there are multiple ways we can collaborate in ways that benefit @ethereum blockbuilding and MEV world. First I want Lambda and our team to be in a position of power to be able to defend the values we believe in. We also want to teach some lessons to some people that threw some punches to us.
Many male founders I know in the industry talk shit about us without ever having spoken with us. Tina not only showed up, she insisted on meeting multiple times and clearly articulated her position. We talked about the EF, Ethereum core dev, block building and @ethrex_client.
She came to meet ys even knowing if we had some relevant disagreements. I have enormous respect for that. We need more people with the courage to talk to build bridges between different parties. Even if we disagree, and even if we might compete in certain areas, I will always support strong women leaders like her. We need more of them, we have too many cowardly men in this industry.

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