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Dobrar espaço para acompanhar a energia: como a geometria alcança a previsão da estrutura molecular para a precisão química
Prever a estrutura 3D de uma molécula — onde exatamente cada átomo está no espaço — é fundamental para a química computacional. Se errar um pouco, seus cálculos de energia podem estar muito errados. O padrão ouro é a teoria do funcional da densidade, mas a DFT é lenta e cara. O aprendizado de máquina oferece um caminho mais rápido: treinar um modelo para reduzir o ruído de um palpite inicial aproximado em uma estrutura precisa.
O problema é que a maioria dos modelos de redução de ruído opera no espaço euclidiano comum, onde todas as direções são tratadas igualmente. Mas moléculas não funcionam assim. Esticar uma ligação custa muito mais energia do que girar ao redor dela. Distâncias iguais em coordenadas cartesianas não significam mudanças iguais de energia.
Jeheon Woo e coautores abordam essa desconexão diretamente. Eles constroem uma variedade Riemanniana — um espaço curvo com métrica dependente da posição — projetada para que a distância geodésica correlacione com a diferença de energia. A métrica é construída a partir de coordenadas internas informadas pela física que ponderam distâncias interatômicas pela quantidade de energia que custa para alterá-las: ligações rígidas contam mais do que torções suaves. Quando comparam a distância geodésica com a RMSD padrão, a correlação com a energia salta de 0,37 para 0,90.
Treinar um modelo de redução de ruído nesse espaço curvo muda o que o modelo aprende. No espaço euclidiano, adicionar ruído isotrópico pode romper ligações ou criar geometrias impossíveis—estruturas centenas de kcal/mol acima do mínimo. Na variedade Riemanniana, a mesma magnitude de ruído mantém as moléculas quimicamente sensíveis, permanecendo dentro do mesmo poço de potencial. O próprio caminho de redução de ruído segue geodésicas que acompanham a minimização de energia, não linhas retas arbitrárias pelo espaço cartesiano.
Os resultados atingem o limiar que importa: precisão química, definida como erro de energia abaixo de 1 kcal/mol. No benchmark QM9, o modelo Riemanniano alcança um erro mediano de 0,177 kcal/mol — aproximadamente 20× melhor que as estruturas iniciais do campo de força e significativamente melhor que a versão euclidiana. Quando essas previsões são usadas como pontos de partida para o refinamento da DFT, o custo computacional cai mais da metade.
O ponto mais profundo: na modelagem molecular, a geometria do espaço de representação não é neutra. O espaço euclidiano trata todos os deslocamentos atômicos como equivalentes; O espaço Riemanniano pode codificar a física. Quando você alinha a distância geométrica com o custo energético, a redução de ruído se torna otimização, e o modelo aprende a seguir a superfície de energia potencial em vez de lutar contra ela.
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